המגמה לניהול מערכות חינוך מיועדת להקנות ידע והתנסות בתחום הארגון, הניהול ומשאבי אנוש, תוך התמקדות במערכות חינוך פורמאליות ובלתי-פורמאליות. מסגרת הלימודים מאפשרת לסטודנטים להיחשף לידע מתחומי הפסיכולוגיה הארגונית, הסוציולוגיה, המשפט והכלכלה, ולהתמחות בנושאים הקשורים לחקר ארגונים, ניהול ומשאבי אנוש. בנוסף לבסיס התיאורטי, ירכשו התלמידים כישורים ומיומנויות ניהוליות. המטרה היא להכשיר עתודה מנהיגותית מובילה, שתוכל לסייע לארגונים להסתגל לשינויים סביבתיים ולשפר אפקטיביות ארגונית.הלימודים במגמה מוכרים ע"י משרד החינוך לצורכי מועמדות לתפקיד ניהול בתי-ספר. מסלול א' במגמה הוא עם דגש מחקרי, כולל עבודת תזה, ומסלול ב' עם דגש יישומי, ללא תזה (ראה לעיל תיאור המסלולים) .במסלול א' הסטודנט יתבקש לקחת קורסים אשר יפתחו את יכולתו המחקרית. מסלול ב' כולל התנסות מודרכת בשדה וכתיבה של עבודת גמר.