ההתמחות בפיתוח פדגוגי של מערכות חינוך שמה במרכז עיסוקיה את התוכן הפדגוגי של מערכות החינוך ואת האפשרות להעשירו ולפתחו בהתאמה לצרכי הזמן והמקום. לפיכך הלימודים בה יתרכזו בתוכן עדכני מהעולם החינוכי בארץ ובעולם שעוסק בתוכן הפדגוגי של מערכות חינוך בהיבט ישראלי ובהיבט בינלאומי. התפיסה של הלימודים תהיה תפיסה מחקרית ויישומית בו זמנית.